Nachdem der konföderierte General Braxton Bragg die Grenze zu Kentucky überschritten hatte, versuchte er vergebens, Soldaten für den Kampf gegen die Union anzuwerben. Die meisten Männer wollten erst abwarten, wer der wirkliche Sieger ist. Denn für eine ständige Besetzung Kentuckys waren die Konföderierten einfach nicht gut genug ausgerüstet. Ein Kampf gegen die Unions-Armee, die Ende September 1862 in Louisville (Kentucky) Stellung bezogen hatte und unter dem Kommando von General Don Carlos Buell stand, war somit nicht möglich, da der Gegner zahlenmäßig überlegen war. Braggs Armee musste sich erst mit der von General Edmund Kirby Smith vereinigen, der seine Soldaten im Raum Lexington-Frankfort stationiert hatte. Diese Vereinigung sollte in der Ortschaft Bardstown stattfinden, die ca. 56 Kilometer von Louisville entfernt war. Unions-General Buell hatte im Gegensatz zu seinen Feinden andere Möglichkeiten. Seine Armee war stark genug, um einen Angriff wagen zu können. Den ganzen September tat er aber nichts. Immer wieder wurde er von General Halleck telegraphisch aufgefordert, den Vorstoß der Konföderierten durch einen Angriff zu stoppen. "Ständig gehen Sie zu langsam vor", meinte er sinngemäß, "Die Unbeweglichkeit Ihrer Armee ist höchst erstaunlich".

Anfang Oktober 1862 wurde Buell von Präsident Lincoln und Halleck so unter Druck gesetzt, dass er sich endlich dazu entschloss, die Konföderierten anzugreifen. Mittlerweile standen ihm 60000 Soldaten zur Verfügung. Der Gegner hatte nur 40000 Mann, und die waren auf einer 97 Kilometer langen Front zwischen Lexington und Bardstown verteilt. Buell beorderte eine Division nach Frankfort. Hier sollte die Truppe einen Scheinangriff durchführen, um Braggs Hauptarmee, die in Bardstown stationiert war, abzulenken. Der Angriff erfolgte während einer Feierlichkeit, die zu Ehren des neuen konföderierten Gouverneurs von Kentuckys stattfand, und an der die Generäle Bragg und Smith teilnahmen. Der Angriff verfehlte nicht sein Ziel. Tatsächlich ließ Bragg fast die Hälfte der konföderierten Streitmacht nach Frankfort beordern. Währenddessen griff Buell die restliche Armee des Gegners an, die unter dem Kommando von Bischof Leonidas Polk stand. Polk hatte nun keine andere Möglichkeit, als sich vor der Übermacht bis zum Chaplin River bei Perryville zurückzuziehen, wo er am 7. Oktober 1862 mit seinen 16000 Mann eine Verteidigungsstellung errichten ließ. Zu dieser Zeit herrschte in diesem Gebiet großer Wassermangel. Daher wurde die Verteidigungsstellung der Konföderierten noch am selben Abend angegriffen. Der Angriff, der von einem gewissen Philip Sheridan befohlen wurde, war aber erfolglos. Erst am 8. Oktober wagte es Sheridan erneut, und diesmal gelang ihm die Eroberung des Flusses und die des dahinterliegendem Hügellandes. Im Laufe des Tages bezogen daraufhin Buells Soldaten links und rechts von Sheridans Division ihre Stellung. General Bragg war mittlerweile der Ansicht, dass die linke Flanke der Unions-Armee bei Perryville nun angegriffen werden könne, da er glaubte, dass sie zahlenmäßig nicht mehr so stark sei. Daraufhin befahl er Polk, den Angriff mit zwei Divisionen durchzuführen, was er dann auch tat, wenn auch widerstrebend. Da die Unions-Armee zahlenmäßig aber stärker war als Bragg dachte, kann man von Glück reden, dass es den Konföderierten dennoch gelang, die linke Flanke des Gegners zurückzudrängen, bis diese verstärkt werden, und so erfolgreich Wiederstand leisten konnte. Die Flanke bestand aus frisch rekrutierten und somit unerfahrenen Soldaten, da man es für sehr unwahrscheinlich hielt, hier angegriffen zu werden. Die Offiziere, die davon überzeugt waren, nicht angegriffen zu werden, fielen am nächsten Tag auf dem Schlachtfeld. Währenddessen war General Sheridan damit beschäftigt, bei einem Gefecht im Zentrum die Südstaatendivision hinter Perryville zurückzudrängen. Sheridan hätte den Gegner vielleicht auch vernichten können, wenn ihm Buells Division, die an der rechten Flanke stationiert war, zu Hilfe gekommen wäre. Sie rührte sich aber nicht.

Normalerweise war von einem Schlachtenlärm auch in mehreren Kilometern Entfernung immer etwas zu hören. Diesmal waren die Windverhältnisse aber wohl so, dass man nichts hören konnte, und so blieb die nötige Verstärkung aus. Als Buell durch einen Boten von der Schlacht erfuhr, war es zu spät, da es mittlerweile zu dunkel war. Am nächsten Morgen befahl Buell zwar einen Sturmangriff auf der ganzen Linie, die Konföderierten waren da aber schon längst abgezogen, da Bragg mittlerweile erkannt hatte, dass er es mit einen übermächtigen Gegner zu tun hatte.

Die Feldzüge beider Seiten hatten am Ende so gut wie nichts eingebracht. Insgesamt 7500 Soldaten mussten hierbei ihr Leben lassen oder wurden verwundet. Buell hätte ein Drittel der in Kentucky einmarschierten Konföderierten außer Gefecht setzten können. Er tat es aber nicht, weil er zu langsam und unentschlossen war.

Auch Bragg und Smith gelang es nicht, durch ein erfolgreiches Gefecht vor den Kentuckyanern als Sieger dazustehen, was ihnen vielleicht durch die Rekrutierung neuer Soldaten eine größere Streitmacht eingebracht hätte. Nachdem General Bragg seinen Feldzug abgebrochen hatte, beorderte er seine Divisionen nach Knoxville und Chattanooga zurück. Zwar waren die Südstaatler von diesem Entschuss nicht begeistert, dennoch konnte Bragg Präsident Davis von der Richtigkeit seiner Entscheidung überzeugen, so dass er im Amt bleiben durfte. Anders sah es mit General Buell aus. Nachdem er sich geweigert hatte, den Gegner zu verfolgen, da er befürchtete, vom Nachschub abgeschnitten zu werden, wurde er am 24. Oktober von Präsident Lincoln abgesetzt und sechs Tage später von General William S. Rosecrans ersetzt.