Präsident Lincolns Begeisterung über den von der Union mühsam errungenen Sieg bei der Schlacht am Antietam hielt sich in Grenzen. Er hatte eine schwerere Niederlage des Gegners erwartet, als den einfachen Rückzug der Rebellen nach Virginia. Dennoch hatte er - wie er sagt - vor Gott gelobt, eine Proklamation für die Sklavenbefreiung zu erlassen, für den Fall, dass der Feind aus Maryland vertrieben werden würde. Das war der Fall, und so setzte er am 22. September 1862 den Rebellenstaaten bis zum 01. Januar 1863 ein Ultimatum . Bis dahin sollten sie zur Union zurückkehren, ansonsten würden von diesem Termin an alle Sklaven in den Rebellenstaaten frei sein. Das Kabinett billigte zwar Lincolns Plan, es gab aber auch einige Kritik. Denn was wäre mit den Sklaven, wenn die Staaten in denen sie lebten, zur Union zurückkehren. Wären diese dann nicht frei ? Nur da, wo die Union keine Macht gehabt hätte, hätten die Sklaven ihre Freiheit wieder erlangt, und da wo sie im Besitz der Macht wäre, nicht ? Das erschien nicht ganz logisch, zumal Lincoln kein Freund der Sklaverei war.

Dennoch musste er diese Entscheidung treffen, da er ganz einfach keine verfassungsmäßigen Rechte hatte, die Sklaverei in loyalen Staaten zu verbieten. Rebellenstaaten gegenüber, hatte er jedoch Kriegsvollmacht und damit das Recht eine solche Proklamation zu erlassen. Die Sklavenbefreiung rückte nun als Kriegsziel immer mehr in Vordergrund. Die Frage war nur, ob die Unions-Armee das mitmachen würde. Nicht jeder General und jeder Soldat der Union war den Schwarzen freundlich gesinnt.

Dennoch gab es in dieser Frage keine Probleme für Präsident Lincoln. Die Sklaverei war für das Überleben und für die Wirtschaft der Südstaaten wichtig, und jeder entzogene Sklave, so sagte General Halleck einmal, sei genauso viel Wert, wie ein außer Gefecht gesetzter weißer Gegner.

Am 1. Dezember 1862 sah es zunächst so aus, dass Präsident Lincoln die Proklamation zum 1. Januar des Folgejahres doch nicht erlassen würde, da er plötzlich von einer stufenweisen Sklavenbefreiung sprach, bei der die Sklavenhalter entschädigt werden sollten. Diese Ankündigung wurde aber missverstanden; von seinen politischen Gegnern möglicherweise auch mit Absicht. Lincoln wollte damit nur eine Abschaffung der Sklaverei in allen Staaten erreichen, auch in den Staaten, die loyal zur Union standen.

Am Neujahrstag des Jahres 1863 unterzeichnete Lincoln die Proklamation und damit waren alle Zweifel behoben. Alle Sklaven der Grenzstaaten, sowie Tennessee und Teile Louisianas und Virginias galten damit als frei. Mehr noch, von nun an hatten sie auch das Recht und die Pflicht, in die Armee einzutreten und gegen die Konföderierten zu kämpfen. Offizielle schwarze Truppen hatte es in diesem Krieg bis dahin noch nicht gegeben. Zwar hatten sich immer wieder nordstaatliche Schwarze zum Militärdienst gemeldet, sie wurden aber immer abgelehnt. Es sei ein Krieg der Weißen, so war man der Ansicht.

Eine Ausnahme hiervon war die Marine. Hier gab es sehr wohl farbige Soldaten, die allerdings zum größten Teil nur als Heizer, Köche oder Stewards dienten. Nur wenige Schwarze hatten auch Befehlsgewalt. Es gab zwar schon ein Militärgesetz vom 17. Juli 1862, das die Anwerbung von Farbigen zuließ, aber nicht für den Dienst an der Waffe, sondern nur für den Dienst in einem Arbeitsbataillon. Wie oben schon erwähnt, gab es keine offiziellen schwarzen Truppen, inoffizielle aber schon. So wurden in Louisiana und Kansas schwarze Regimenter aufgebaut, und am Missouri geriet ein schwarzes Regiment in ein erstes Gefecht. Offiziell anerkannt wurden sie aber erst am 01. Januar 1963.

In der Folgezeit wurden immer mehr schwarze Regimenter aufgestellt. Unter anderem auch das 54. Massachusett-Regiment, das später das berühmteste schwarze Regiment werden sollte. Dennoch waren die farbigen Soldaten Menschen zweiter Klasse. Sie erhielten weniger Sold als die Weißen, waren von den weißen Regimentern getrennt und wurden von Weißen befehligt. Die Südstaatler überlegten Anfangs, gefangene schwarze Soldaten und deren Offiziere vor Gericht zu stellen und hinzurichten. Ein Gesetz darüber wurde aber nicht erlassen. Dennoch wurden vereinzelt Exekutionen gebilligt oder Gefangene "auf der Flucht erschossen".