Nach der siegreichen Schlacht bei Manassas fühlten sich die Südstaatler als unbesiegbare Macht. Niemals würde es den Nordstaatlern gelingen, ihren Willen durch kriegerische Handlungen durchzusetzen. Der Krieg sei damit praktisch beendet, so war man der Meinung. Selbst einige Nordstaatler vermochten unmittelbar nach der Niederlage nichts Gegenteiliges zu sagen. Man schämte sich für diese Schmach. Die meisten Nordstaatler allerdings wollten nicht resigniert aufgeben. Sie wollten diesen Rückschlag nicht hinnehmen, und mit frischer Energie weiter machen. Langfristig gesehen, sorgte diese Niederlage für neuen Kampfgeist. So befahl Präsident Lincoln zunächst am 22. Juli 1861 die Einberufung von 500000, und drei Tage später die Einberufung von weiteren 500000 Soldaten.

Als Befehlshaber ernannte er General George B. McClellan, dem es in den folgenden zwei Monaten gelang, aus unerfahrenen und entmutigen Regimentern eine disziplinierte, professionelle und schlagkräftige Armee zu machen. Allerdings fehlte es McClellan an genügend Selbstvertrauen, um seine neu geschaffenen Potomac-Armee - wie sie jetzt hieß - nutzbringend einzusetzen. Er war ständig der Ansicht, dass die Gegenseite immer noch stärker sei.

Ein anderer Befehlshaber, dem Lincoln sein Vertrauen schenkte, war John Charles Frémont. Seit 1838 war Frémont topographischer Ingenieur in der US-Armee, wo er einen ausgezeichneten militärischen Ruf genoss. Berühmt wurde er aber erst durch seine Expeditionen, die er zwischen 1842 und 1849 unternahm. Unter Frémonts Kommando diente ein gewisser Nathaniel Lyon, der mit seiner 5500 starken Armee Springfield in Missouri besetzte. In Springfield endete eine Nachschublinie, die im 322 Kilometer entfernten St. Louis begann. Ihm gegenüber standen 8000 konföderierte Soldaten, die unter dem Kommando von General Sterling Price standen, sowie weitere 5000 Soldaten unter dem Kommando von General Ben McCulloch. Beide Truppen hatten ihr Lager am Wilson´s Creek, 16 Kilometer südlich von Springfield, aufgebaut. Trotz der Übermacht des Gegners und trotz der Gewissheit, das Frémont ihm keine Verstärkung schicken würde, entschied sich Lyon am 10. August 1861 für einen Angriff auf das Lager.

Dabei teilte er seine Truppe in zwei Teile, wobei der eine Teil - bestehend aus 1200 Soldaten - den Gegner von hinten angreifen sollte, während der größere Teil unter seinem Kommando von vorne vorstoßen wollte. Dieses Manöver gelang zunächst auch, und es entwickelte sich ein längeres Feuergefecht an den Ufern des Wilson´s Creek.

Dann aber passierte etwas, was den Nordstaatlern schon bei Manassas zum Verhängnis wurde. Wieder wurden sie - in diesem Fall die 1200 Soldaten - von konföderierte Truppen angegriffen, die eine ähnliche Uniform an hatten wie sie selber. Wieder sorgte das für Verwirrung und wieder war die erste Salve, die sie erreichte, bevor sie ihren Irrtum erkannten, der Anfang vom Ende. Was blieb, war nur noch Lyons eigene Haupttruppe. Diese wurde nun von einer noch größeren Überzahl als vorher bekämpft. Lyon selber wurde dabei tödlich getroffen. Nachdem der Unions-Truppe auch noch die Munition ausging, flüchteten die Soldaten zunächst nach Springfield zurück. Dort hielten sie sich aber nicht lange, so dass sie sich nach Rolla zurückziehen mussten, das 160 Kilometer nord-östlich von Springfield lag. General Price marschierte hingegen immer tiefer in Missouri ein und erreichte schließlich mit inzwischen 18000 Mann Lexington, das von 3500 Soldaten der Union besetzt war. Keine Frage, dass diese kleine Truppe ihren Widerstand nach drei Tagen aufgeben musste. Für den erfolglosen Befehlshaber John Charles Frémont war diese Niederlage ein schändlicher Fleck in seiner Karriere, den er durch übertriebene Verfügungen, wie Verhängung des Kriegsrechts, Todesstrafe für Rebellen und Freiheit für alle Sklaven wieder ausradieren wollte. Präsident Lincoln missbilligte aber Frémonts Vorgehen, und enthob ihm schließlich seines Postens. Insgesamt fielen in der Schlacht am Wilson´s Creek ca. 1300 Soldaten, was im Vergleich zu Manassas viel war, wenn man dort die weitaus geringeren Truppenstärken berücksichtigt.